Anders als bei der Klassischen Lichtmikroskopie treffen bei der Digitalmikroskopie die Lichtstrahlen durch das Objektive auf einen Sensor, welcher die Informationen verarbeitet. Durch die Digitalmikroskopie ist es möglich, mittels geeigneter Softwarebilder von 3D Oberflächen, Höhenmessungen, aber auch Beleuchtungsmethoden aufzunehmen und einzustellen.